Согласно Директивы Начальника Генерального штаба МО СССР от 9 декабря 1953 г. № орг/8/575802 15 января 1954 г. на базе 4-го гарнизонного лазарета в лагере Тоцкое Чкаловской области сформирован 1369 гарнизонный военный госпиталь (в/ч 96504), по штату № 27/510 на 100 коек.

Согласно Директивы Заместителя Министра обороны - начальника Тыла ВС СССР от 12 января 1988 г. № 314/1/00130 с 1 сентября 1988 г. 1369 военный госпиталь (в/ч 96504) переведен на штат № 27/756 на 150 коек.

На основании Директивы ГВМУ МО от 17 декабря 1997 г. №161/1/1/6847, 6848 и от 13 января 1998 г. № 161/1/1/181 и Директивы штаба ПриВО от 29 января 1998 г. №15/1/052 с 1 мая 1998 г. 1369 военный госпиталь (в/ч 96504) переведен на штат 27/752 на 250 коек.

Согласно Директивы Министра обороны Российской Федерации № 67 дсп от 4 августа 2009 г., Директивы Командующего войсками ПУрВО № Д-82 от 15 октября 2009 г. 1369 ВГ был реформирован путем присоединения к федеральному бюджетному учреждению «354 окружной военный клинический госпиталь» Министерства обороны Российской Федерации.

С 9 августа 2012 г. Госпиталь (на 150 коек, с Тоцкое-Второе) ФБУ «354 ОВКГ» Минобороны России переименован в Структурное подразделение Госпиталь (на 150 коек, с. Тоцкое-Второе) ФГКУ «354 ОВКГ» Минобороны России.

Согласно Распоряжения Правительства Российской Федерации от 11.06.2014 г. № 1034-р, приказа МО РФ № 680 от 19.09.2014 г., приказа начальника ФГКУ «354 ВКГ» Минобороны России № 165 от 24.10.2014 г. 01.01.2015 г. сформирован филиал № 5 ФГКУ «426 ВГ» Минобороны России.

С 01 января 2018 г. изменен тип учреждения: филиал №5 Федерального государственного бюджетного учреждения «426 военный госпиталь» Министерства обороны Российской Федерации.